ABC Chemistry logo ABC Chemistry / ИТ в химии : Практикум. Ч. 2. : Оглавление / 1. Кристаллографическая информация в WWW

1. Кристаллографическая информация в WWW




Минилекция: Модели визуального отображения структуры





Экспериментальные сведения из кристаллографических баз данных мы будем использовать для исследования структуры вещества.

В тех базах данных, с которыми мы познакомимся, кристаллографическая информация хранится в стандартных CIF-файлах.
CIF-файл можно прочитать, открыв его в обычном текстовом редакторе "Блокноте" (Notepad).
Более удобны для пользователя специализированные программы - они позволяют отобразить на экране трехмерную структуру вещества, а также рассчитать некоторые молекулярные параметры.




Mercury - программа визуализации кристаллографической информации

Для работы с CIF-файлами мы будем использовать программу Mercury.

а) Подготовка к работе.

Создайте папку для временного хранения учебных файлов.

Существенная деталь: Ни в названии этой папки, ни в описании пути к этой папке не должно быть кириллических букв и пробелов. По этой причине в к. 101 для хранения CIF-файлов используйте не "Рабочий стол", а D:\public\...

По окончании занятия временные файлы удаляйте.

Учебные CIF-файлы: ZIP-архив.
Скопируйте архив на свой компьютер, разархивируйте CIF-файлы. Эти файлы (1.cif, 2.cif, 3.cif) вы будете использовать при изучении функций программы Mercury.


б) Загрузка программы:

Ярлык Mercury находится на Рабочем столе вашего компьютера.

Самостоятельная работа.

Загрузите Mercury и изучите основные возможности программы.

Краткая инструкция по работе с Mercury.




Примеры источников кристаллографической информации

Самостоятельная работа.

1. Изучите приемы ведения информационного поиска в каждом из перечисленных ниже источников.

2. Выполните проверочные задания, указанные в инструкциях:
-- извлеките нужные CIF-файлы;
-- проанализируйте особенности структуры заданных веществ;
-- запишите (на бумаге) численные значения требуемых молекулярных параметров и
-- предъявите преподавателю для проверки.

CIF-файлы можно удалять с диска только после получения зачета по соответствующему этапу работы.




а) Трехмерная визуализация химической структуры

ICSD - Inorganic Crystal Structure Database
http://icsd.ill.eu/icsd/index.php

Краткая инструкция и проверочные задания.




COD - Crystallography Open Database
http://www.crystallography.net/cod/search.html

Краткая инструкция и проверочные задания.




б) Строение CIF-файла в текстовом формате

Журнал Acta Crystallographica Section E: Crystallographic Communications
http://journals.iucr.org/e/

Краткая инструкция и проверочные задания.





Исследовательская контрольная работа

Материалы к контрольной работе.



А.А. Рагойша
Белорусский государственный университет
2010-2017