Кристаллографическая информация в WWW

1. Кристаллографическая информация в WWW

Минилекция: CIF-файлы

Минилекция: Модели визуального отображения структуры

Экспериментальные сведения из кристаллографических баз данных мы будем использовать для исследования структуры вещества.

В тех базах данных, с которыми мы познакомимся, кристаллографическая информация хранится в стандартных CIF-файлах.
CIF-файл можно прочитать, открыв его в обычном текстовом редакторе "Блокноте" (Notepad).
Более удобны для пользователя специализированные программы - они позволяют отобразить на экране трехмерную структуру вещества, а также рассчитать некоторые молекулярные параметры.

Mercury - программа визуализации кристаллографической информации

Для работы с CIF-файлами мы будем использовать программу Mercury.

а) Подготовка к работе.

Создайте папку для временного хранения учебных файлов.

Существенная деталь: Ни в названии этой папки, ни в описании пути к этой папке не должно быть кириллических букв и пробелов. По этой причине в к. 101 для хранения CIF-файлов используйте не "Рабочий стол", а D:\public\...

По окончании занятия временные файлы удаляйте.

Учебные CIF-файлы: ZIP-архив.
Скопируйте архив на свой компьютер, разархивируйте CIF-файлы. Эти файлы (1.cif, 2.cif, 3.cif) вы будете использовать при изучении функций программы Mercury.

б) Загрузка программы:

Ярлык Mercury находится на Рабочем столе вашего компьютера.

Самостоятельная работа.

Загрузите Mercury и изучите основные возможности программы.

Краткая инструкция по работе с Mercury.

Примеры источников кристаллографической информации

Самостоятельная работа.

1. Изучите приемы ведения информационного поиска в каждом из перечисленных ниже источников.

2. Выполните проверочные задания, указанные в инструкциях:
-- извлеките нужные CIF-файлы;
-- проанализируйте особенности структуры заданных веществ;
-- запишите (на бумаге) численные значения требуемых молекулярных параметров и
-- предъявите преподавателю для проверки.

CIF-файлы можно удалять с диска только после получения зачета по соответствующему этапу работы.

а) Трехмерная визуализация химической структуры

ICSD - Inorganic Crystal Structure Database
https://icsd.ill.fr/index.php

Краткая инструкция и контрольные задания.

COD - Crystallography Open Database

Краткая инструкция и контрольное задание.

б) Строение CIF-файла в текстовом формате

Журнал Acta Crystallographica Section E: Crystallographic Communications
http://journals.iucr.org/e/

Краткая инструкция и контрольное задание.

Тема реферата

Химическая структура вещества Z.
Название Z получите у преподавателя