|
|
ABC Chemistry / ИТ в химии : Практикум. Ч. 2. : Оглавление / 2. Структурный поиск. Формирование запроса с помощью апплета |
Минилекция: Структурный поиск. Молекулярное (химическое) подобие
Структурный поиск
Во многих базах данных, содержащих сведения о химических структурах, имеется возможность вести информационный поиск, используя в качестве запроса двумерную структурную формулу.
В таких базах данных можно встретить три варианта действий поисковой программы; обычно пользователь сам выбирает нужный ему вариант из имеющегося набора.
1. Поиск по структуре - Structure (Exact) Search.
Поисковая программа ищет структуры, полностью совпадающие со структурой запроса.
2. Поиск по подструктуре (субструктуре) - Подструктурный (субструктурный) поиск - Substructure Search.
Поисковая программа ищет структуры, в остовах которых есть участок, целиком совпадающий с остовом запроса.
3. Поиск по подобию - Similarity Search.
Поисковая программа ищет структуры, в которых имеются такие же структурные фрагменты, какие есть в запросе.
На поисковом бланке обычно можно задать минимально допустимую степень соответствия, в %.
Для расчета степени соответствия часто используется коэффициент Танимото.
Апплет
Апплет — это маленькая исполняемая программа, которая загружается вместе с веб-страницей.
Рассмотрим апплеты, предназначенные для создания двумерных химических структур. С помощью таких апплетов конструируют запросы в тех базах данных, где возможен поиск по структурной формуле.
Приемы работы с апплетом весьма схожи с приемами работы с "большим" молекулярным редактором, таким как ISIS/Draw — только намного проще.
Основная задача апплета — правильно отобразить молекулярный граф, на основании которого должен проводиться поиск. Красота формируемого изображения не имеет никакого значения в поисковом процессе, поэтому у таких апплетов нередко отсутствуют дизайнерские функции (выравнивание длин связей, валентных углов, поворот в плоскости листа и т. п.).
Инструментарий апплета как правило ограничивается управляющими командами (стереть, выделить) и кнопками химических символов (главным образом "органического" набора), химических связей (главным образом не отражающих симметрию), простейших структурных фрагментов (например, циклов).
Стандартизация в работе различных апплетов отсутствует, но приемы работы просты настолько, что при минимуме навыков они оказываются интуитивно понятными.
Апплет JSME
Wikipedia Chemical Structure Explorer
http://cheminfo.org/wikipedia/
-- инструмент поиска химической информации в англоязычной Википедии по заданной структурной формуле.
Зайдите на сайт Wikipedia Chemical Structure Explorer и подождите, пока загрузится база данных химических структур (ок. 15 тыс.).
Через некоторое время на экране появится многофреймовая страница.
В левом верхнем фрейме находится апплет JSME, с помощью которого можно сформулировать структурный запрос.
Самостоятельная работа.
Ознакомьтесь с приемами формирования запроса для структурного поиска.
Выполните тренировочные упражнения.
Краткое описание апплета JSME и тренировочные упражнения.
Самостоятельная работа.
Сформулируйте любое пробное поисковое задание.
Обратите внимание, как в процессе формирования задания меняется информация в левом нижнем и правых фреймах.
(В левом нижнем фрейме вы увидите результаты субструктурного поиска по базе данных химических структур. В правых фреймах - фрагменты из Wikipedia для одной из структур).
Обратите внимание, что в правом фрейме присутствует ссылка на соответствующую статью в Wikipedia.
Выполните контрольные задания - проведите структурный поиск в Wikipedia и в обнаруженной статье найдите требуемый числовой параметр:
Контрольные задания.
Апплет JS Draw
Функциональные возможности JS Draw рассмотрим в каталоге реактивов компании Sigma-Aldrich.
Перейдите к поисковому бланку с апплетом по ссылке Structure Search (ищите ссылку в группе Popular Pages).
Самостоятельная работа.
Ознакомьтесь с приемами формирования запроса для структурного поиска.
Выполните тренировочные упражнения и контрольные задания.
Краткая инструкция и контрольные задания.
Апплет Marvin JS
Функциональные возможности Marvin JS рассмотрим на примере работы поискового бланка ChemIDplus Advanced.
ChemIDplus Advanced - инструмент поиска химической информации в базах данных американской Национальной медицинской библиотеки (NLM).
Самостоятельная работа.
Вызовите на экран страницу поискового бланка ChemIDplus Advanced.
Поисковый бланк состоит из двух частей. Левая его панель предназначена для текстового поиска. С ней мы работали в прошлом семестре.
Изучите функциональные возможности бланка Structure, находящегося на правой панели.
Нажмите кнопку Draw - на экран выводится апплет, предназначенный для рисования химической структуры.
Методом проб и ошибок изучите функциональные возможности апплета Marvin JS.
Нарисуйте какую-нибудь химическую структуру, нажмите кнопку Use this structure - эта структура внесется в поисковый бланк.
Проведите структурный поиск и изучите строение страницы результатов поиска.
Белорусский государственный университет 2010-2020 |
|